A vagina é colonizada por Lactobacillus (cerca de 50%) e por outras espécies bacterianas e de leveduras como a Candida albicans. Em menor proporção, ela é habitada por Candida glabrata bem como Candida parapsilosis. Para que os Lactobacillus prevaleçam na microbiota, é necessário manter ácido o pH da região (entre 3,5 e 4,5).